Das herausragende wissenschaftliche Ereignis der letzten Jahrzehnte war die Sequenzierung des menschlichen Genoms, das im Jahr 2000 von den Medien als die "Mondlandung der Biologie" gefeiert wurde. In Wirklichkeit war es jedoch die "Mondlandung der Bioinformatik", da die eigentlichen Herausforderungen des Projekts im Bereich der Bioinformatik angesiedelt waren.

Im Rahmen der Vorlesung werden zunächst die Bioinformatik-Verfahren vorgestellt, die bei der Sequenzierung des menschlichen Genoms eingesetzt wurden und werden. Dann werden wir uns mit Verfahren zur Identifikation von Genen im Genom beschäftigen. Jedes Gen codiert bestimmte Bausteine des menschlichen Körpers. Hat man ein neues Gen gefunden, so möchte man natürlich wissen, welche Bausteine durch dieses Gen codiert werden, welche Aufgaben diese Bausteine im menschlichen Körper wahrnehmen und wie sie mit anderen Genen bzw. den entsprechenden Bausteinen wechselwirken. Auch für diese molekularbiologischen Fragestellungen existieren effektive Bioinformatik-Methoden, die in der Vorlesung diskutiert werden. Schließlich werden wir Verfahren zur Identifizierung der Ursachen genetisch bedingter Erkrankungen und zur Suche nach neuen Target-Molekülen kennenlernen und Bioinformatik-Algorithmen für die Entwicklung neuer Medikamente und für die Optimierung von bestimmten Therapien diskutieren.

Dozent

Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof

Assistenten

Übungsleiter

Teilgebiete

Vorkenntnisse Wichtig

Voraussetzung zur Scheinvergabe

Weiterführende Veranstaltungen

Bioinformatik II

Anmeldung zur Vorlesung und Klausur

Um an der Vorlesung teilzunehmen, müssen Sie sich hier per E-Mail anmelden. Dies ist keine Anmeldung zur Klausur! Hierzu müssen Sie sich zusätzlich spätestens eine Woche vor der Klausur (bzw. Nachklausur) hier anmelden.

Geben Sie bei Ihrer Anmeldung folgende Daten an:

Vermittelte Fähigkeiten

Grundfertigkeiten der Bioinformatik sollen in dieser Vorlesung vermittelt werden. Den Studentinnen und Studenten werden in der Vorlesung die grundlegenden Probleme und Fragestellungen der Bioinformatik vorgestellt werden. Sie sollen lernen, wie man diese Probleme mathematisch modellieren und mit Hilfe der Methoden der Bioinformatik lösen kann.

Vorlesung

Vorlesungsbeginn
Donnerstag, 19.10.2017
Termine
Dienstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Donnerstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Fragestunde
Montag, 10:00 - 11:00 Uhr, Gebäude E2.1, Raum 416

Übung

Übungsbeginn
Montag, 16.10.2017
Termine
Neuer Termin: Dienstag, 16:00-18:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Raumänderung: Am Dienstag, dem 24.10., findet die Übung im CIP-Pool (Raum 003) statt.
Office Hour
Mittwoch, 13:00-15:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Klausur

Hauptklausur
Donnerstag, 25.01.2018, 14:00-16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Einsicht
Dienstag, 30.01.2018, 14:00-16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Nachklausur
Dienstag, 10.04.2018, 14:00-16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsall 007
Um an der Nachklausur teilzunehmen, melden Sie sich bitte zusätzlich bis zum 04.04.2018 hier per E-Mail an.
Einsicht
Nach Vereinbarung

Vorlesungsfolien

Datum Themen Folien
19.10. Geschichte PDF PPTX
Grundlagen Sequenzierung PDF PPTX
24.10. Sequence Assembly I PDF PPT
26.10. Sequence Assembly II PDF PPTX
07.11. Sequencing by Hybridization PDF PPTX
09.11. Hochdurchsatzsequenzierung mit Solexa PDF PPTX
16.11. Sequence Alignments PDF PPT
28.11. Branch and Cut PDF PPT
Suche in Sequenzdatenbanken PDF PPT
05.12. QUASAR PDF PPT
07.12. Profile und HMMs PDF PPT
12.12. VEIL PDF PPTX
02.01. Genome Rearrangements PDF PPTX
04.01. SNPs and Mutations PDF PPT

Übungen

Übung Abgabe Materialien
C++ Crashkurs
1 26.10.2017
2 02.11.2017
3 09.11.2017
4 16.11.2017
5 23.11.2017
6 30.11.2017
7 07.12.2017
8 14.12.2017
9 21.12.2017
10 04.01.2018
11 11.01.2018
12 18.01.2018
Klausurthemen

Wie kann ich von zuhause aus auf den CIPs arbeiten?

Dies geht am einfachsten per Secure Shell (SSH). Verwenden Sie dazu einfach eine Linux Shell und/oder einen graphischen Client. Dann können Sie sich mittels

ssh username@bioXX.studcs.uni-sb.de
auf einem der CIP Rechner einloggen. Windows Clients sind: Unter Linux und MacOS X verwenden Sie am einfachsten die Kommandos ssh und scp.

Empfohlene Literatur

Weitere Literatur