Das herausragende wissenschaftliche Ereignis der letzten Jahrzehnte war die Sequenzierung des menschlichen Genoms, das im Jahr 2000 von den Medien als die "Mondlandung der Biologie" gefeiert wurde. In Wirklichkeit war es jedoch die "Mondlandung der Bioinformatik", da die eigentlichen Herausforderungen des Projekts im Bereich der Bioinformatik angesiedelt waren.

Im Rahmen der Vorlesung werden zunächst die Bioinformatik-Verfahren vorgestellt, die bei der Sequenzierung des menschlichen Genoms eingesetzt wurden und werden. Dann werden wir uns mit Verfahren zur Identifikation von Genen im Genom beschäftigen. Jedes Gen codiert bestimmte Bausteine des menschlichen Körpers. Hat man ein neues Gen gefunden, so möchte man natürlich wissen, welche Bausteine durch dieses Gen codiert werden, welche Aufgaben diese Bausteine im menschlichen Körper wahrnehmen und wie sie mit anderen Genen bzw. den entsprechenden Bausteinen wechselwirken. Auch für diese molekularbiologischen Fragestellungen existieren effektive Bioinformatik-Methoden, die in der Vorlesung diskutiert werden. Schließlich werden wir Verfahren zur Identifizierung der Ursachen genetisch bedingter Erkrankungen und zur Suche nach neuen Target-Molekülen kennenlernen und Bioinformatik-Algorithmen für die Entwicklung neuer Medikamente und für die Optimierung von bestimmten Therapien diskutieren.

Dozent

Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof

Assistenten

Übungsleiter

Teilgebiete

Vorkenntnisse Wichtig

Voraussetzung zur Scheinvergabe

Weiterführende Veranstaltungen

Bioinformatik II

Anmeldung zur Vorlesung und Klausur

Um an der Vorlesung teilzunehmen, müssen Sie sich hier per E-Mail anmelden. Dies ist keine Anmeldung zur Klausur! Hierzu müssen Sie sich zusätzlich spätestens eine Woche vor der Klausur (bzw. Nachklausur) hier anmelden.

Geben Sie bei Ihrer Anmeldung folgende Daten an:

Beantragung eines CIP Pool Accounts Wichtig!

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Falls Sie noch keinen CIP Pool Account haben, können sie diesen bei uns beantragen.

Um einen Account zu beantragen, füllen Sie bitte dieses Formular aus. Senden Sie uns dann bitte den unterschriebenen Antrag sowie folgende Daten per E-Mail an teaching@bioinf.uni-sb.de.

Vermittelte Fähigkeiten

Grundfertigkeiten der Bioinformatik sollen in dieser Vorlesung vermittelt werden. Den Studentinnen und Studenten werden in der Vorlesung die grundlegenden Probleme und Fragestellungen der Bioinformatik vorgestellt werden. Sie sollen lernen, wie man diese Probleme mathematisch modellieren und mit Hilfe der Methoden der Bioinformatik lösen kann.

Vorlesung

Vorlesungsbeginn
TBA
Termine
Dienstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Zoom
Donnerstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Zoom
Fragestunde
Montag, 09:00 - 10:00 Uhr, Zoom

Übung

Übungsbeginn
1. Übung (C++ Crashkurs): Montag, 02. November, 15:00-18:00 Uhr
Termine
Montag 14:00-16:00 oder 16:00-18:00, Zoom
Office Hours

  • Montag 10:00-11:00, Kerstin Lenhof, Zoom
  • Dienstag, 10:00-11:00 Uhr, Lea Eckhart, Zoom
  • Dienstag 13:00-14:00, Nico Gerstner, Zoom
  • Mittwoch 13:00-15:00, Johanna und Philipp, Zoom
  • Freitag, 10:00-11:00 Uhr, Tim Kehl, Zoom

Klausur

Hauptklausur
08.02.2021 bis 10.02.2021, Zoom
Einsicht
-

Vorlesungsfolien

Datum Themen Folien
03.11. Geschichte PDF PPTX
03.11 Grundlagen Sequenzierung PDF PPTX
05.11. Sequence Assembly I PDF PPTX
12.11. Sequence Assembly II PDF PPTX
24.11. Sequencing by Hybridization PDF PPTX
24.11. Hochdurchsatzsequenzierung mit Solexa PDF PPTX
01.12. Sequence Alignments PDF PPTX
10.12. Branch and Cut PDF PPTX
15.12. Mapping PDF
17.12. Suche in Sequenzdatenbanken PDF PPTX
07.01. Profile und HMMs PDF PPTX
14.01. VEIL PDF PPTX
21.01. SNPs and Mutations PDF PPTX
02.02. Microarray Analysis PDF PPTX

Übungen

Übung Abgabe Materialien
C++ Crashkurs
1 12.11.2020
2 19.11.2020
3 26.11.2020
4 03.12.2020
5 10.12.2020
6 17.12.2020
7 07.01.2021
8 14.01.2021
9 21.01.2021
10 28.01.2021
Klausurthemen

Wie kann ich von zu Hause aus auf den CIPs (bioXX = bio01-bio24) arbeiten?

Linux und MacOS X

Dies geht am einfachsten per Secure Shell (SSH) oder Secure Copy (SCP).
Verwenden Sie dazu einfach eine Linux Shell und/oder einen graphischen Client.

  1. Login auf den CIP Pool Rechnern:
    ssh [USER]@bioXX.studcs.uni-sb.de
  2. Kopieren einer lokalen Datei auf einen CIP Pool Rechner:
    scp [DATEI] [USER]@bioXX.studcs.uni-sb.de:/home/stud/[USER]/
  3. Kopieren einer Datei vom CIP Pool Rechner:
    scp [USER]@bioXX.studcs.uni-sb.de:/home/stud/username/[DATEI] .
  4. Kopieren eines lokalen Verzeichnisses auf einen CIP Pool Rechner:
    scp -r ordner/ [USER]@bioXX.studcs.uni-sb.de:/home/stud/[USER]/

Argumente in eckigen Klammern [...] sind Platzhalter. XX ist ein Platzhalter für eine Zahl zwichen 01 und 24.

Windows Clients

Unter Windows können Sie folgende clients verwenden.

Wie kann ich mein Verzeichnis auf dem CIP Pool über das Netzwerk mounten?

Das geht am einfachsten mit SSHFS.

sshfs [USER]@bioXX.studcs.uni-sb.de:/home/stud/[USER] [lokaler Pfad]

MacOS X

Installieren Sie folgende Pakete

Windows Alternative

Empfohlene Literatur

Weitere Literatur