Dozent

Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof

Assistenten

Übungsleiter

Jonas Fischer

Teilgebiete

Vorkenntnisse Wichtig

Voraussetzung zur Scheinvergabe

Weiterführende Veranstaltungen

Bioinformatik III

Anmeldung zur Vorlesung und Klausur

Um an der Vorlesung teilzunehmen, müssen Sie sich hier per E-Mail anmelden. Dies ist keine Anmeldung zur Klausur! Hierzu müssen Sie sich zusätzlich spätestens zwei Wochen vor der Klausur hier anmelden.

Geben Sie bei Ihrer Anmeldung folgende Daten an:

Vermittelte Fähigkeiten

Grundfertigkeiten der Bioinformatik sollen in dieser Vorlesung vermittelt werden. Den Studentinnen und Studenten werden in der Vorlesung die grundlegenden Probleme und Fragestellungen der Bioinformatik vorgestellt werden. Sie sollen lernen, wie man diese Probleme mathematisch modellieren und mit Hilfe der Methoden der Bioinformatik lösen kann.

Präsentationen Docking-Challenge

Termin
Donnerstag, 16.07.2015, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Vorlesung

Vorlesungsbeginn
Dienstag, 21.04.2015
Termine
Dienstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Donnerstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Übung

Übungsbeginn
Achtung - Übung beginnt vor Vorlesung
Montag, 20.04.2015, erste Übung in CIP-Pool (003), Gebäude E2.1
Termine
Montag 16:00 - 18:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Klausur

Hauptklausur
Donnerstag, 23.07.2015, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Einsicht
Nach Vereinbarung
Nachklausur
Dienstag, 20.10.2015, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Um an der Nachklausur teilzunehmen, müssen Sie sich bis zum 17.10.2015, 14:00 Uhr, hier per E-Mail anmelden.
Einsicht
Nach Vereinbarung

Vorlesungsfolien

Datum Themen Folien
21.04. Introduction to Protein Structure PDF PPT
23.04. Secondary Structure Assessment PDF PPT
30.04. Secondary Structure Prediction PDF PPT
12.05. Molekulare Superpositionierung PDF ODP
19.05. Threading PDF PPT
26.05. Homology Modelling PDF PPT
28.05. De Novo Sturkturvorhersage PDF PPT
09.06. Docking I PDF PPT
16.06. Docking II PDF Teil 1 PPT Teil 1
PDF Teil 2 PPT Teil 2
18.06. Docking Challenge PDF
25.06. Docking III PDF PPT
02.07. Drug Screening PDF PPT
07.07. Microarray Analysis Part 1 PDF PPT
09.07. Microarray Analysis Part 2 PDF PPT

Übungen

Übung Abgabe Materialien

Wie kann ich von zuhause aus auf den CIPs arbeiten?

Dies geht am einfachsten per Secure Shell (SSH). Verwenden Sie dazu einfach eine Linux Shell und/oder einen graphischen Client. Dann können Sie sich mittels

ssh username@bioXX.studcs.uni-sb.de
auf einem der CIP Rechner einloggen. Windows Clients sind: Unter Linux und MacOS X verwenden Sie am einfachsten die Kommandos ssh und scp.

Tutorials

Empfohlene Literatur

Weitere Literatur