Bioinformatik II Sommersemester 2018

Dozent

Assistenten

• Lara Schneider, M. Sc.
• Tim Kehl, M. Sc.

Übungsleiter

• Jana Heß
• Kristina Thedinga

Teilgebiete

• Bioinformatik (Grundvorlesung im Bachelor-Studiengang)
• Praktische Informatik (Spezialvorlesung mit Übungen der Informatik, Hauptstudium)

Vorkenntnisse Wichtig

• Mathematik für Informatiker I - III
• Programmierung II
• Bioinformatik I
• C++-Programmierung unter Linux

Voraussetzung zur Scheinvergabe

• Erfolgreiches Bearbeiten der Übungen
  • 50% Theoriepunkte
  • 50% Praxispunkte
• Erfolgreiche Teilnahme am Docking-Wettbewerb
• Bestehen der Klausur

Weiterführende Veranstaltungen

Anmeldung zur Vorlesung und Klausur

Um an der Vorlesung teilzunehmen, müssen Sie sich hier per E-Mail anmelden. Dies ist keine Anmeldung zur Klausur! Hierzu müssen Sie sich zusätzlich spätestens eine Woche vor der Klausur bzw. Nachklausur hier anmelden.

Geben Sie bei Ihrer Anmeldung folgende Daten an:

• E-Mail Adresse
• Vorname
• Nachname
• Matrikelnummer
• Semester
• Studiengang

Vermittelte Fähigkeiten

Vorlesung

Vorlesungsbeginn

Donnerstag, 12.04.2018

Termine

Dienstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Donnerstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Fragestunde

Montag, 10:00 - 11:00 Uhr, Gebäude E2.1, Raum 416

Übung

Übungsbeginn

Dienstag, 10.04.2018, 16:00 - 18:00 Uhr, erste Übung im CIP-Pool (003), Gebäude E2.1

Termine

Montag, 08:30 - 10:00, Gebäude E2.1, Hörsaal 007 Erster Termin: 23.04.

Office Hour

Mittwoch, 11:00 - 13:00 Uhr, Gebäude E.21, Raum 413

Präsentationen Docking-Challenge

Termin

TBA

Klausur

Hauptklausur

Donnerstag, 12.07.2018, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Einsicht

Dienstag, 17.07.2018, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsall 007

Nachklausur

Dienstag, 16.10.2018, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Um an der Nachklausur teilzunehmen, melden Sie sich bitte zusätzlich bis zum 09.10.2018 hier per E-Mail an.

Einsicht

Nach Vereinbarung

• Schicken Sie Ihren Code per Email an bioinfo2[AT]bioinf.uni-sb.de
• Sollte Ihr Code nicht kompilieren, wird Ihre Abgabe mit 0 Punkten bewertet. Maßgeblich sind die CIP-Pools der Bioinformatik, andere Systeme können nicht berücksichtigt werden.
• Ihre Abgabe muss als .tar.gz Archiv erfolgen. Beim Entpacken muss ein übergeordnetes Verzeichnis erstellt werden, welches den Quellcode enthält. Im Archiv sollten keine temporären oder automatisch generierten Dateien enthalten sein.
• Alle Deklarationen müssen, vorzugsweise im Doxygen Format, kommentiert werden. Hierbei sollen Eingaben, Ausgabe und Fehlerbedingungen von Funktionen, bzw. der Zweck von Klassen erläutert werden. Verzichten Sie auf offensichtliche Kommentare wie int i = 1 // Set i to 1. Erklären Sie nicht wie sie einen Algorithmus implementiert haben, sondern warum Sie diese Implementierung gewählt haben.
• Wählen Sie sprechende Variablennamen.
• Schreiben Sie sowohl Code als auch Kommentare in englischer Sprache.
• Achten Sie auf saubere Einrückung ihres Codes. Verwenden Sie Programme wie clang-format. clang-format finden Sie auf den CIPs unter /installer/import/debian/c++/clang/bin/clang-format.
• Ihr Code muss sorgfältig getestet sein. Das bedeutet, dass
  1. für alle Klassen und Methoden Unittests vorhanden sind.
  2. Ihr Code auf Eingaben, die nicht durch die Aufgabe vorgegeben wurden das korrekte Ergebnis liefert.

Wie kann ich von zuhause aus auf den CIPs arbeiten?

Dies geht am einfachsten per Secure Shell (SSH). Verwenden Sie dazu einfach eine Linux Shell und/oder einen graphischen Client. Dann können Sie sich mittels

ssh username@bioXX.studcs.uni-sb.de

• Putty (Terminalclient)
• WinSCP (zum Kopieren von Dateien)

• Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, ISBN: 978-0-582-38210-7
• Petsko, Ringe Protein Structure and Function, ISBN: 978-0-878-93663-2
• Tramontano, Protein Structure Prediction: Concepts and Applications, ISBN: 978-3-527-31167-5