Bioinformatik II

Dozent

Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof

Assistenten

Übungsleiter

Teilgebiete

Vorkenntnisse Wichtig

Voraussetzung zur Scheinvergabe

Weiterführende Veranstaltungen

Bioinformatik III

Anmeldung zur Vorlesung und Klausur

Um an der Vorlesung teilzunehmen, müssen Sie sich hier per E-Mail anmelden. Dies ist keine Anmeldung zur Klausur! Hierzu müssen Sie sich zusätzlich spätestens eine Woche vor der Klausur bzw. Nachklausur hier anmelden.

Geben Sie bei Ihrer Anmeldung folgende Daten an:

Vermittelte Fähigkeiten

Grundfertigkeiten der Bioinformatik sollen in dieser Vorlesung vermittelt werden. Den Studentinnen und Studenten werden in der Vorlesung die grundlegenden Probleme und Fragestellungen der Bioinformatik vorgestellt werden. Sie sollen lernen, wie man diese Probleme mathematisch modellieren und mit Hilfe der Methoden der Bioinformatik lösen kann.

Vorlesung

Vorlesungsbeginn
Donnerstag, 12.04.2018
Termine
Dienstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Donnerstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Fragestunde
Montag, 10:00 - 11:00 Uhr, Gebäude E2.1, Raum 416

Übung

Übungsbeginn
Dienstag, 10.04.2018, 16:00 - 18:00 Uhr, erste Übung im CIP-Pool (003), Gebäude E2.1
Termine
Montag, 08:30 - 10:00, Gebäude E2.1, Hörsaal 007 Erster Termin: 23.04.
Office Hour
Mittwoch, 11:00 - 13:00 Uhr, Gebäude E.21, Raum 413

Präsentationen Docking-Challenge

Termin
Donnerstag, 03.07.2018, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Klausur

Hauptklausur
Donnerstag, 12.07.2018, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Einsicht
Dienstag, 17.07.2018, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsall 007
Nachklausur
Dienstag, 16.10.2018, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Um an der Nachklausur teilzunehmen, melden Sie sich bitte zusätzlich bis zum 09.10.2018 hier per E-Mail an.
Einsicht
Nach Vereinbarung

Vorlesungsfolien

Datum Themen Folien
12.04. Introduction to Protein Structure PDF PPTX
17.04. Secondary Structure Assessment PDF PPT
19.04. Secondary Structure Prediction PDF PPT
26.04. Introduction to Deep Learning PDF PPT
03.05. Threading PDF PPT
08.05. Molekulare Superpositionierung PDF
15.05. Homology Modelling PDF PPT
29.05. De Novo Sturkturvorhersage PDF PPT
29.05. Docking I PDF PPTX
05.06. Docking Challenge PDF
07.06. Docking II PDF PPTX
12.06. Docking IIB PDF PPTX
19.06. Docking III PDF PPTX
21.06. Drug Screening PDF PPT
26.06. Microarray Analysis Part 1 PDF PPT
05.07. Microarray Analysis Part 2 PDF PPT

Wie kann ich von zuhause aus auf den CIPs arbeiten?

Dies geht am einfachsten per Secure Shell (SSH). Verwenden Sie dazu einfach eine Linux Shell und/oder einen graphischen Client. Dann können Sie sich mittels

ssh username@bioXX.studcs.uni-sb.de
auf einem der CIP Rechner einloggen. Windows Clients sind: Unter Linux und MacOS X verwenden Sie am einfachsten die Kommandos ssh und scp.