Dozent
Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof
Assistenten
Übungsleiter
Teilgebiete
- Bioinformatik (Grundvorlesung im Bachelor-Studiengang)
- Praktische Informatik (Spezialvorlesung mit Übungen der Informatik, Hauptstudium)
Vorkenntnisse Wichtig
- Mathematik für Informatiker I - III
- Programmierung II
- Bioinformatik I
- C++-Programmierung unter Linux
Voraussetzung zur Scheinvergabe
- Erfolgreiches Bearbeiten der Übungen
- 50% Theoriepunkte
- 50% Praxispunkte
- Erfolgreiche Teilnahme am Docking-Wettbewerb
- Bestehen der Klausur
Weiterführende Veranstaltungen
Bioinformatik III
Anmeldung zur Vorlesung und Klausur
Um an der Vorlesung teilzunehmen, müssen Sie sich hier per E-Mail anmelden.
Dies ist keine Anmeldung zur Klausur!
Hierzu müssen Sie sich zusätzlich spätestens eine Woche vor der Klausur bzw. Nachklausur hier anmelden.
Geben Sie bei Ihrer Anmeldung folgende Daten an:
- E-Mail Adresse
- Vorname
- Nachname
- Matrikelnummer
- Semester
- Studiengang
Vermittelte Fähigkeiten
Grundfertigkeiten der Bioinformatik sollen in dieser Vorlesung vermittelt werden.
Den Studentinnen und Studenten werden in der Vorlesung die grundlegenden Probleme
und Fragestellungen der Bioinformatik vorgestellt werden. Sie sollen lernen, wie
man diese Probleme mathematisch modellieren und mit Hilfe der Methoden der Bioinformatik lösen kann.
Vorlesung
- Vorlesungsbeginn
- Donnerstag, 12.04.2018
- Termine
- Dienstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
- Donnerstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
- Fragestunde
- Montag, 10:00 - 11:00 Uhr, Gebäude E2.1, Raum 416
Übung
- Übungsbeginn
- Dienstag, 10.04.2018, 16:00 - 18:00 Uhr, erste Übung im CIP-Pool (003), Gebäude E2.1
- Termine
- Montag, 08:30 - 10:00, Gebäude E2.1, Hörsaal 007 Erster Termin: 23.04.
- Office Hour
- Mittwoch, 11:00 - 13:00 Uhr, Gebäude E.21, Raum 413
Präsentationen Docking-Challenge
- Termin
- TBA
Klausur
- Hauptklausur
- Donnerstag, 12.07.2018, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
- Einsicht
- Dienstag, 17.07.2018, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsall 007
- Nachklausur
- Dienstag, 16.10.2018, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
- Um an der Nachklausur teilzunehmen, melden Sie sich bitte zusätzlich bis zum 09.10.2018 hier per E-Mail an.
- Einsicht
- Nach Vereinbarung
Vorlesungsfolien
Datum |
Themen |
Folien |
12.04. |
Introduction to Protein Structure |
PDF PPTX |
17.04. |
Secondary Structure Assessment |
PDF PPT |
Übungen
Übung |
Abgabe |
Materialien |
1 |
19.04.18 |
|
- Schicken Sie Ihren Code per Email an bioinfo2[AT]bioinf.uni-sb.de
- Sollte Ihr Code nicht kompilieren, wird Ihre Abgabe mit 0 Punkten bewertet. Maßgeblich sind die CIP-Pools der Bioinformatik, andere Systeme können nicht berücksichtigt werden.
- Ihre Abgabe muss als .tar.gz Archiv erfolgen. Beim Entpacken muss ein übergeordnetes Verzeichnis erstellt werden, welches den Quellcode enthält. Im Archiv sollten keine temporären oder automatisch generierten Dateien enthalten sein.
-
Alle Deklarationen müssen, vorzugsweise im Doxygen Format, kommentiert werden.
Hierbei sollen Eingaben, Ausgabe und Fehlerbedingungen von Funktionen, bzw. der Zweck von Klassen erläutert werden.
Verzichten Sie auf offensichtliche Kommentare wie
int i = 1 // Set i to 1
.
Erklären Sie nicht wie sie einen Algorithmus implementiert haben, sondern warum Sie diese Implementierung gewählt haben.
- Wählen Sie sprechende Variablennamen.
- Schreiben Sie sowohl Code als auch Kommentare in englischer Sprache.
- Achten Sie auf saubere Einrückung ihres Codes. Verwenden Sie Programme wie clang-format. clang-format finden Sie auf den CIPs unter
/installer/import/debian/c++/clang/bin/clang-format
.
- Ihr Code muss sorgfältig getestet sein. Das bedeutet, dass
- für alle Klassen und Methoden Unittests vorhanden sind.
- Ihr Code auf Eingaben, die nicht durch die Aufgabe vorgegeben wurden das korrekte Ergebnis liefert.
Wie kann ich von zuhause aus auf den CIPs arbeiten?
Dies geht am einfachsten per Secure Shell (SSH). Verwenden Sie dazu einfach eine Linux Shell und/oder einen graphischen
Client. Dann können Sie sich mittels
ssh username@bioXX.studcs.uni-sb.de
auf einem der CIP Rechner einloggen. Windows Clients sind:
Unter Linux und MacOS X verwenden Sie am einfachsten die Kommandos ssh und scp.
- Leach,
Molecular Modelling: Principles and Applications
, ISBN: 978-0-582-38210-7
- Petsko, Ringe
Protein Structure and Function
, ISBN: 978-0-878-93663-2
- Tramontano,
Protein Structure Prediction: Concepts and Applications
, ISBN: 978-3-527-31167-5