Dozent

Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof

Assistent

Übungsleiter

Teilgebiete

Vorkenntnisse Wichtig

Voraussetzung zur Scheinvergabe

Weiterführende Veranstaltungen

Bioinformatik III

Anmeldung zur Vorlesung und Klausur

Um an der Vorlesung teilzunehmen, müssen Sie sich hier per E-Mail anmelden. Dies ist keine Anmeldung zur Klausur! Hierzu müssen Sie sich zusätzlich spätestens eine Woche vor der Klausur bzw. Nachklausur hier anmelden.

Geben Sie bei Ihrer Anmeldung folgende Daten an:

Vermittelte Fähigkeiten

Grundfertigkeiten der Bioinformatik sollen in dieser Vorlesung vermittelt werden. Den Studentinnen und Studenten werden in der Vorlesung die grundlegenden Probleme und Fragestellungen der Bioinformatik vorgestellt werden. Sie sollen lernen, wie man diese Probleme mathematisch modellieren und mit Hilfe der Methoden der Bioinformatik lösen kann.

Vorlesung

Vorlesungsbeginn
Dienstag, 13.04.2021
Termine
Dienstag, 14:00 - 16:00 Uhr, ZOOM
Donnerstag, 14:00 - 16:00 Uhr, ZOOM
Fragestunde
Montag, 9:00 - 10:00 Uhr, ZOOM

Übung

Übungsbeginn
Montag 16:00-18:00
Termine
TBA
Office Hours
  • Montag 10:00-11:00, Nico Gerstner
  • Dienstag 10:00-11:00, Lea Eckhart
  • Dienstag 13:00-14:00, Tim Kehl
  • Mittwoch 13:00-15:00, Johanna und Philipp
  • Freitag 11:00-12:00, Kerstin Lenhof

Klausur

Hauptklausur
Dienstag, 21.09.2021, 9:00 - 11:00 Uhr, Gebäude E1.3, Hörsaal 002
Nachklausur
Dienstag, 19.10.2021, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Einsicht
TBA

Vorlesungsfolien

Datum Themen Folien
13.04. Microarray Analyse 1 PDF PPTX
15.04. Microarray Analysis 2 PDF PPTX
04.05. GeneTrail PDF PPTX
11.05. SNPs and Mutations PDF PPTX
18.05. Introduction to Protein Structure PDF PPTX
20.05. Secondary Structure Assignment PDF PPTX
27.05. Secondary Structure Prediction PDF PPTX
10.06. Threading PDF PPTX
15.06. Molekulare Superpositionierung PDF PPTX
17.06. Deep Learning PDF PPTX Neu: 29.06..
22.06. AlphaFold PDF PPTX
24.06. Homology Modelling PDF PPTX
08.07. Docking I PDF PPTX
13.07. Docking II PDF PPTX
13.07. Docking IIB PDF PPTX
22.07. Docking III PDF PPTX

Übungen

Übung Abgabe Materialien
1 22.04.21
2 29.04.21
3 06.05.21
4 13.05.21
5 20.05.21
6 27.05.21
7 03.06.21
8 10.06.21
9 17.06.21
10 24.06.21
  • Übung 10
  • Achtung: Auf Grund der Netwerkprobleme ist die Abgabe der Programmieraufgabe um eine Woche verlängert.
11 01.07.21
12 08.07.21
13 15.07.21
Klausurthemen

Wie kann ich von zu Hause aus auf den CIPs (bioXX = bio01-bio24) arbeiten?

Linux und MacOS X

Dies geht am einfachsten per Secure Shell (SSH) oder Secure Copy (SCP).
Verwenden Sie dazu einfach eine Linux Shell und/oder einen graphischen Client.

  1. Login auf den CIP Pool Rechnern:
    ssh [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de
  2. Kopieren einer lokalen Datei auf einen CIP Pool Rechner:
    scp [DATEI] [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/[USER]/
  3. Kopieren einer Datei vom CIP Pool Rechner:
    scp [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/username/[DATEI] .
  4. Kopieren eines lokalen Verzeichnisses auf einen CIP Pool Rechner:
    scp -r ordner/ [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/[USER]/

Argumente in eckigen Klammern [...] sind Platzhalter. XX ist ein Platzhalter für eine Zahl zwichen 01 und 24.

Windows Clients

Unter Windows können Sie folgende clients verwenden.

Wie kann ich mein Verzeichnis auf dem CIP Pool über das Netzwerk mounten?

Das geht am einfachsten mit SSHFS.

sshfs [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/[USER] [lokaler Pfad]

MacOS X

Installieren Sie folgende Pakete

Windows Alternative