Dozent

Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof

Assistent

Übungsleiter

Teilgebiete

Vorkenntnisse Wichtig

Voraussetzung zur Scheinvergabe

Weiterführende Veranstaltungen

Bioinformatik III

Anmeldung zur Vorlesung und Klausur

Um an der Vorlesung teilzunehmen, müssen Sie sich hier per E-Mail anmelden. Dies ist keine Anmeldung zur Klausur! Hierzu müssen Sie sich zusätzlich spätestens eine Woche vor der Klausur bzw. Nachklausur hier anmelden.

Geben Sie bei Ihrer Anmeldung folgende Daten an:

Vermittelte Fähigkeiten

Grundfertigkeiten der Bioinformatik sollen in dieser Vorlesung vermittelt werden. Den Studentinnen und Studenten werden in der Vorlesung die grundlegenden Probleme und Fragestellungen der Bioinformatik vorgestellt werden. Sie sollen lernen, wie man diese Probleme mathematisch modellieren und mit Hilfe der Methoden der Bioinformatik lösen kann.

Vorlesung

Vorlesungsbeginn
Donnerstag, 14.04.2022
Termine
Dienstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Donnerstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007
Fragestunde
Montag, 9:00 - 10:00 Uhr, ZOOM

Übung

Übungsbeginn
Wichtig Montag, 11.04.22, 14:00-18:00, CIP Pool
Termine
Dienstag, 12:00-14:00 Raum 007

Klausur

Hauptklausur
21.07.2022
Nachklausur
Dienstag, 25.10.2022
Einsicht
TBA

Vorlesungsfolien

Datum Themen Folien
14.04. Introduction to Protein Structure PDF PPTX
19.04. Secondary Structure Assignment PDF PPTX
21.04. Secondary Structure Prediction PDF PPTX
26.04. Deep Learning PDF PPTX
06.05. Threading PDF PPTX
17.05. AlphaFold PDF PPTX
19.05. Side Chain Optimization PDF PPTX
24.05. Molekulare Superpositionierung PDF PPTX
31.05. Microarray Analyse PDF PPTX
09.06. Vorhersage der Medikamentenwirksamkeit PDF
21.06. Docking I PDF PPTX
28.06. Docking II PDF PPTX
30.06. Docking IIB PDF PPTX
07.07. Docking III PDF PPTX

Übungen

Übung Abgabe Materialien
1 21.04.22
2 28.04.22
3 05.05.22
4 12.05.22
5 19.05.22
6 26.05.22
7 02.06.22
8 12.06.22
9 16.06.22
10 23.06.22 und 30.06.22
11 07.07.22
12 14.07.22
Klausurthemen

Wie kann ich von zu Hause aus auf den CIPs (bioXX = bio01-bio24) arbeiten?

Linux und MacOS X

Dies geht am einfachsten per Secure Shell (SSH) oder Secure Copy (SCP).
Verwenden Sie dazu einfach eine Linux Shell und/oder einen graphischen Client.

  1. Login auf den CIP Pool Rechnern:
    ssh [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de
  2. Kopieren einer lokalen Datei auf einen CIP Pool Rechner:
    scp [DATEI] [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/[USER]/
  3. Kopieren einer Datei vom CIP Pool Rechner:
    scp [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/username/[DATEI] .
  4. Kopieren eines lokalen Verzeichnisses auf einen CIP Pool Rechner:
    scp -r ordner/ [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/[USER]/

Argumente in eckigen Klammern [...] sind Platzhalter. XX ist ein Platzhalter für eine Zahl zwichen 01 und 24.

Windows Clients

Unter Windows können Sie folgende clients verwenden.

Wie kann ich mein Verzeichnis auf dem CIP Pool über das Netzwerk mounten?

Das geht am einfachsten mit SSHFS.

sshfs [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/[USER] [lokaler Pfad]

MacOS X

Installieren Sie folgende Pakete

Windows Alternative