Bioinformatik II Sommersemester 2023

Dozent

Assistent

• Lea Eckhart, M. Sc.

Übungsleiter

• Katharina Buchthal
• Johannes Schreieck

Teilgebiete

• Bioinformatik (Grundvorlesung im Bachelor-Studiengang)
• Praktische Informatik (Spezialvorlesung mit Übungen der Informatik, Hauptstudium)

Vorkenntnisse Wichtig

• Mathematik für Informatiker I - III
• Programmierung II
• Bioinformatik I
• C++-Programmierung unter Linux

Voraussetzung zur Scheinvergabe

• Erfolgreiches Bearbeiten der Übungen
  • 50% Theoriepunkte
  • 50% Praxispunkte
• Bestehen der Klausur

Weiterführende Veranstaltungen

Anmeldung zur Vorlesung und Klausur

Um an der Vorlesung teilzunehmen, müssen Sie sich hier per E-Mail anmelden. Dies ist keine Anmeldung zur Klausur! Hierzu müssen Sie sich zusätzlich spätestens eine Woche vor der Klausur bzw. Nachklausur hier anmelden.

Geben Sie bei Ihrer Anmeldung folgende Daten an:

• E-Mail Adresse
• Vorname
• Nachname
• Matrikelnummer
• Semester
• Studiengang

Vermittelte Fähigkeiten

Vorlesung

Vorlesungsbeginn

Donnerstag, 13.04.2023

Termine

Dienstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Donnerstag, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Fragestunde

Montag, 9:00 - 10:00 Uhr, ZOOM

Übung

Übungsbeginn

Wichtig Donnerstag, 13.04.23, 16:00-18:00, CIP Pool

Termine

Montag, 16:00 - 18:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Klausur

Hauptklausur

TBA

Nachklausur

Donnerstag, 19.10.2023, 14:00 - 16:00 Uhr, Gebäude E2.1, Hörsaal 007

Einsicht

TBA

• Schicken Sie Ihren Code per Email an bioinfo2[AT]bioinf.uni-sb.de
• Sollte Ihr Code nicht kompilieren, wird Ihre Abgabe mit 0 Punkten bewertet. Maßgeblich sind die CIP-Pools der Bioinformatik, andere Systeme können nicht berücksichtigt werden.
• Ihre Abgabe muss als .tar.gz Archiv erfolgen. Beim Entpacken muss ein übergeordnetes Verzeichnis erstellt werden, welches den Quellcode enthält. Im Archiv sollten keine temporären oder automatisch generierten Dateien enthalten sein.
• Alle Deklarationen müssen, vorzugsweise im Doxygen Format, kommentiert werden. Hierbei sollen Eingaben, Ausgabe und Fehlerbedingungen von Funktionen, bzw. der Zweck von Klassen erläutert werden. Verzichten Sie auf offensichtliche Kommentare wie int i = 1 // Set i to 1. Erklären Sie nicht wie sie einen Algorithmus implementiert haben, sondern warum Sie diese Implementierung gewählt haben.
• Wählen Sie sprechende Variablennamen.
• Schreiben Sie sowohl Code als auch Kommentare in englischer Sprache.
• Achten Sie auf saubere Einrückung ihres Codes. Verwenden Sie Programme wie clang-format. clang-format finden Sie auf den CIPs unter /installer/import/debian/c++/clang/bin/clang-format.
• Ihr Code muss sorgfältig getestet sein. Das bedeutet, dass
  1. für alle Klassen und Methoden Unittests vorhanden sind.
  2. Ihr Code auf Eingaben, die nicht durch die Aufgabe vorgegeben wurden das korrekte Ergebnis liefert.

Wie kann ich von zu Hause aus auf den CIPs (bioXX = bio01-bio24) arbeiten?

Linux und MacOS X

Dies geht am einfachsten per Secure Shell (SSH) oder Secure Copy (SCP).
Verwenden Sie dazu einfach eine Linux Shell und/oder einen graphischen Client.

1. Login auf den CIP Pool Rechnern:

   ssh [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de

2. Kopieren einer lokalen Datei auf einen CIP Pool Rechner:

   scp [DATEI] [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/[USER]/

3. Kopieren einer Datei vom CIP Pool Rechner:

   scp [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/username/[DATEI] .

4. Kopieren eines lokalen Verzeichnisses auf einen CIP Pool Rechner:

   scp -r ordner/ [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/[USER]/

Argumente in eckigen Klammern [...] sind Platzhalter. XX ist ein Platzhalter für eine Zahl zwichen 01 und 24.

Windows Clients

Unter Windows können Sie folgende clients verwenden.

• Putty (Terminalclient)
• WinSCP (zum Kopieren von Dateien)

Wie kann ich mein Verzeichnis auf dem CIP Pool über das Netzwerk mounten?

Das geht am einfachsten mit SSHFS.

sshfs [USER]@bioXX.studcs.uni-saarland.de:/home/stud/[USER] [lokaler Pfad]

MacOS X

Installieren Sie folgende Pakete

• FUSE for MacOS (https://osxfuse.github.io/)
• SSHFS for MacOS (https://osxfuse.github.io/)

Windows Alternative

• WinSCP (zum Kopieren von Dateien)

• Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, ISBN: 978-0-582-38210-7
• Petsko, Ringe Protein Structure and Function, ISBN: 978-0-878-93663-2
• Tramontano, Protein Structure Prediction: Concepts and Applications, ISBN: 978-3-527-31167-5