Inhalt

Komplexe Krankheiten wie beispielsweise Krebs oder kardiovaskuläre Erkrankungen stellen bereits heute die häufigste Todesursache der industrialisierten Länder dar (DeStatis, 2017).

Zur Untersuchung dieser Erkrankungen werden Hochdurchsatzmethoden eingesetzt mit Hilfe derer man Informationen über den (epi-)genetischen Zustand von Zellen erlangt. Dies ermöglicht eine detaillierte Analyse der verschiedensten komplexen Krankheiten wie beispielsweise Krebs, Alzheimer, Parkinson und Diabetes. Allerdings sind die generierten Hochdurchsatzdaten oft hochdimensional und nur schwer manuell untersuchbar.

Mit Hilfe unterschiedlicher Techniken im Bereich der Bioinformatik (maschinelles Lernen, Graphtheorie, etc.) kann man die große Datenmenge verarbeiten. Dadurch kann man wichtige Hinweise darauf erhalten, welche Komponenten des komplexen biologischen Systems einen entscheidenden Beitrag zu der untersuchten Erkrankung leisten und welche sich dementsprechend als Biomarker (Komponenten des biologischen Systems mit prognostischer oder diagnostischer Relevanz) eignen.

Das Ziel der personalisierten Medizin besteht dann darin, basierend auf dem Vorhandensein von Biomarkern eine optimale Therapie für jeden einzelnen Patienten zu ermitteln.

In diesem Seminar werden interessante Arbeiten und Algorithmen der Bioinformatik behandelt, die im Bereich der Biomarker-Detektion und der personalisierten Medizin Anwendung finden. Das Seminar wird als Block-Seminar in der Woche vor Vorlesungsbeginn des Sommersemesters 2022 gehalten.

Dozent

Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof

Betreuer

Voraussetzungen

Bedingungen zum Scheinerhalt

Anmeldung

Um am Seminar teilnehmen zu können, muss man beim Themenvergabe-Treffen persönlich anwesend sein. Dabei werden die Themen, ggf. per Losverfahren, verteilt.
Aufgrund der aktuellen Lage findet dieses Treffen über Zoom statt. Um an der Zoom Konferenz teilnehmen zu können, melden Sie sich bitte per Mail an teaching@bioinf.uni-sb.de.
Eine vorherige Themenreservierung ist nicht möglich.
Nach der Themenvergabe bestätigen Sie bitte Ihre Seminarteilnahme bis zum 11.02.22 per Mail an teaching@bioinf.uni-sb.de.
Außerdem müssen Sie sich bis zum 25.02.22 verbindlich im HISPOS anmelden.

# Paper Autoren
1 Topologically inferring risk-active pathways toward precise cancer classification by directed random walk Liu et al.
2 Classification of Cancers Based on a Comprehensive Pathway Activity Inferred by Genes and Their Interactions Xu et al.
3 A computational model for anti-cancer drug sensitivity prediction Zhao et al.
4 MERIDA: a novel Boolean logic-based integer linear program for personalized cancer therapy Lenhof et al.
5 Predicting transcription factor affinities to DNA from a biophysical model. Roider et al. .
6 Heterogeneity aware random forest for drug sensitivity prediction Rahman et al.
Themenvergabe
Freitag, 04.02.22, 16:00 (via Zoom)
Themenbestätigung
Freitag, 11.02.22
Anmeldefrist (HISPOS)
Freitag, 25.02.22
1. Deadline Folien
25.02.2022
2. Deadline Folien
16.03.2022
Vorträge
04.04.2022 ab 9 Uhr

Checkliste für Folien

Beispielpräsentationen

Beispiel1

Zusatzmaterial

  1. Checkliste zum Thema Plagiarismus
  2. Turnitin
  3. How to give a great scientific talk (Nature)
  4. How to give a dynamic scientific presentation (Elsevier)
  5. The Craft of Scientific Presentations (Michael Alley)